企　画　部
　 研究所の総合的な経営方針及び研究方針並びに予算編成及び実施計画に関する基本方針の企画・立案や研究所の評価、成果の普及、国際活動並びに施設・設備に係る業務、研究所の業務実施に係る総合調整等を行っています。企画部は、部の業務を統括する企画部長と次の課・室、センター及び主幹で構成しています。　
企　画　課
　 所の運営戦略、中期計画・年度計画、機関評価、所組織の基本方針、予算の編成・実施計画に関する基本方針の企画・立案及び所内の総合調整、所の運営に関する調整、複数組織に関わる業務調整、国土交通省他との総合調整、所の業務の企画・立案及び総合調整のうち部内他課に属さない業務等を行っています。　
研究業務課

研究計画、研究評価及び研究成果のとりまとめ、研究成果等所外発表、研究施設・設備の整備計画、研究者の受入及び派遣、研究計画委員会、研究評価委員会等の事務局に関する業務等を行っています。
経営計画主管
　 経営計画に係る企画部業務を行っています。　
研究連携主管

海上安全、環境・エネルギー、輸送高度化及び海洋開発に関する研究テーマについて所内の研究体制の構築や外部機関との研究連携のためのコーディネータ等を行っています。（受託・共同研究）
研究戦略主管
　 人材育成を含む中長研究能力開発等、研究戦略の計画に係る企画部業務を行っています。
国際連携センター
　 日本政府の国際基準・標準への提案活動を技術的支援するドキュメントの作成やＩＭＯ、ＩＳＯ等国際会議への参加、国際シンポジウムの開催等を行うことによって、海外研究機関との連携強化や国際的な研究成果の普及、海事関係の国際動向・情報の収集等を行っています。（国際機関への貢献）
知的財産・情報センター
　 技術資料・データの収集調査や提供、所の計算機に関する業務、研究発表会・講演会・一般公開・シンポジウム等の企画、海技研広報誌・パンフレット・ホームページ等の制作、技術相談・出前講座・施設使用の相談窓口、マスコミ対応等の広報業務、国際研究協力・交流に係る総合調整等（国際連携センターの業務を除く。）、特許・プログラム登録、知的財産に係るデータベースの整備・普及に関する業務を行っています。
産業連携センター
　 所の研究業務の効率化を図るために、実験解析等で必要なプログラムの作成やデータ解析、各種説明資料用のＣＤ作成等、研究部門等に対して専門性や技能の高い業務を提供しています。
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